Arkasından 26 Aralık 1991'de ilk çok partili genel seçimlerin birinci turu gerçekleştirildi. FIS bu seçimlerde de büyük başarı gösterdi. Resmi kaynaklara göre oyların yüzde 55'ini, kendi kaynaklarına göreyse yüzde 80'ini aldı.
ÇATIŞMALARIN NEDENİ
İslami Selamet Cephesi'nin gösterdiği başarı Cezayir'de önemli çıkarları olan Fransa başta olmak üzere bütün Batılı güçleri rahatsız etti. Bu yüzden tek çare olarak Cezayir ordusunu harekete geçirme yoluna başvurdular. Sonuçta ordu, 16 Ocak 1992'de yani seçimlerin ikinci turunun yapılacağı tarihe beş gün kala gerçekleştirdiği darbeyle yönetime el koyarak seçimlerin ikinci turunu iptal etti ve genel başkan Prof. Abbasi Medeni başta olmak üzere FIS ileri gelenlerinin çoğunu tutuklattı. Cunta yönetimi daha önce mahalli seçimleri kazanarak işbaşına gelen FIS mensubu belediye başkanlarını ve belediye meclisi üyelerini de görevden aldıktan sonra pek çoğunu tutuklattı. İlk tutuklama kampanyasında tutuklanan FIS mensuplarının sayısı altı bini aştı. Bunların pek çoğu 45 derece sıcaklık altındaki toplama kamplarına gönderildi. Sonraki dönemlerde birtakım provokasyonlar vesilesiyle de çok sayıda FIS mensubu tutuklandı. Cunta, Mart ayında da, FIS'ı tamamen kapattığını açıkladı. Temmuz ayı ortalarında gerçeklestirilen duruşmada askeri mahkeme FIS genel başkanı Abbasi Medeni ile yardımcısı Ali Belhac'i 12'şer yıl, diğer FIS liderlerini de 4 ile 6 yıl arasında değişen hapis cezalarına çarptırdı.
1996'da göstermelik olarak bir referandum gerçekleştirilerek yeni bir anayasa yürürlüğe kondu. 5 Haziran 1997 tarihinde yine göstermelik bir parlamento seçimleri gerçekleştirildi. Seçimlere birden fazla partinin katılmasına izin verildi ama favori cuntanın desteklediği Cezayir Ulusal Demokratik Birlik Partisi'ydi. Seçimler dürüstçe ve demokratik bir ortamda yapılmadığından sonuçlar da cuntanın istedigi şekilde oldu. 15 Nisan 1999 tarihinde yine göstermelik bir cumhurbaşkanlığı seçimi yapıldı. Bu seçimde de cuntanın desteklediği Abdülaziz Buteflika'nin kazandırılacağı önceden belli olduğundan diğer adaylar figüran olmak istemediklerini ilan ederek adaylıktan çekildiler ve Buteflika tek aday olarak girdiği seçimlerde cumhurbaşkanlığına seçildi, daha doğru bir ifadeyle tayin edildi. Demokratik yollardan iktidara gelmek isteyen Müslümanların önüne, cunta tarafından engeller çıkarılmasından sonra ülkede huzursuzluk ve çatışmalar hızlandı. Bu çatışmalarda da çok sayıda asker ve sivil hayatını kaybetti.

Vakit