Başbakan Yardımcısı Bülent Arınç, Bülent Ecevit'in Başbakan olarak katıldığı 19 Şubat 2001'deki Milli Güvenlik Kurulu (MGK) toplantısında yaşanan "anayasa kitapçığı fırlatma" krizini örnek vererek "Biz bunun bin mislini yaşadık ama bunlar herhalde şimdi konuşulmayacak şeyler. Böyle veya benzer şeylerin belli bir dönemde yaşanmadığını, benzer olaylarla karşılaşmadığımızı kimse söyleyemez" dedi. Arınç, Başbakan Recep Tayyip Erdoğan'ın eşinin hasta ziyaretinde bulunacağı GATA'ya gelmemesinin istenmesi konusunda "Benim de 5 yıllık Meclis Başkanlığı dönemimde temas ettiğim kişilerle, kurumlarla, kuruluşlarla yaşadığımız pek çok olaylar var ama bunları Türkiye'de bir gerginlik unsuru olmasın, demokrasi güçlendikçe bunların hepsi hallolacak inancıyla içimizde sakladık" ifadesini kullandı. Bu ifadeler akıllara, Ahmet Necdet Sezer'in cumhurbaşkanlığı döneminde yaşananları getirdi. Çankaya Köşkü'nde yapılan Şubat 2001 MGK toplantısında Sezer ile hükümet arasında çıkan "Anayasa kitapçığını fırlatma krizi" Türkiye'yi ağır bir ekonomik krizi de taşırken, DSP - MHP - ANAP koalisyonunun da sonunu getirdi. MHP lideri Devlet Bahçeli, sürpriz bir biçimde erken seçim istediklerini açıkladı. Bunun üzerine koalisyon çatırdadı, 3 Kasım 2002'de genel seçime gidildi. Koalisyon ortaklarından ANAP ile DSP, hem 2002, hem 2007 seçimlerinde barajı aşma başarısı gösteremedi. Esenboğa'da patlak verdi Bu tarihten sonra ise kısa bir dönem Abdullah Gül, ardından Recep Tayyip Erdoğan'ın başbakanlığında Ak Parti dönemi başladı. Arınç da, seçimlerden 16 gün sonra, 19 Kasım'da TBMM Başkanlığı'na seçildi. 21 Kasım'da NATO toplantısı için Prag'a giden Sezer ile eşi Semra Sezer'i, başörtülü eşi Münevver Arınç ile birlikte Esenboğa Havalimanı protokolünden uğurlamaya gitmesi ise, adeta "yaşanacak gerilimlerin fitili" oldu. Dönemin Genelkurmay Başkanı Hilmi Özkök ve kuvvet komutanları, bu duruma tepki olarak Arınç'a yaptıkları tebrik ziyaretini 3 dakikayla sınırlı tuttu. Arınç'ın 23 Nisan resepsiyonu için gönderdiği davetiyelerde eşinin adının da yer almasına tepki gösteren Sezer ve komutanlar ile CHP yönetimi de, resepsiyonu boykot etti. Bir yıl sonra ise Arınç bu kez davetiyelere eşinin ismini yazmadı. Şeyini şey ettiğimin şeyi Düzenlediği basın toplantısında konuyla ilgili "Bunun nedeni nedir" diye soran muhabire "Şeyini şey ettiğimin şeyidir, bunun karşılığı. Ne öğrenmek istiyorsun? Bununla ilgili bilinmedik ne kaldı? Bu davetiyenin neden o şekilde bastırıldığını herkes biliyor" yanıtını verdi. Türban nedeniyle devletin tepesinde yaşanan gerilimler, diplomatik davetlere dahi yansıdı. İsveç Kralı 16. Gustaf'ın Devlet Konukevi'nde verdiği yemeğe, Münevver Arınç'ın davetli olması nedeniyle Sezer gelmedi. 27 Nisan 2007'de, Genelkurmay Başkanı Orgeneral Yaşar Büyükanıt döneminde bir gece yarısı TSK'nın internet sitesine konulan ve 'e-muhtıra' olarak nitelendirilen açıklama ise, Ak Parti ile asker arasındaki en önemli tartışma konularından biri oldu. KARŞILIKLI ENDİŞELER GİDERİLMELİ Arınç NTV'de, Erdoğan'ın eşi Emine Erdoğan'ın GATA'ya alınmamasıyla başlayan tartışmalarla ilgili olarak "Orduevinde bir teğmen düğün yapsa, annesi oraya giremez. Karşı kaldırımda bekler. Manisa'da 1. Piyade Er Eğitim Tugayı'nda acemilerin yemin törenine geldiğinde, bundan önceki tugay komutanı kendine göre '40 yaşın altındaki başörtülüler giremez, 40 yaşın üstündekiler şöyle bağlarsa girebilir' diye bir kural icat etmişti. Giremeyenler tel örgünün arkasında ağlamıştı" dedi. Arınç TSK ile hükümet arasında ilişkilere de değindi: "Geçmişe göre TSK ile ilişkilerimiz çok daha sağlıklı, demokratik ve katılımcı. Genelkurmay Başkanı ve diğer kuvvet komutanlarının sivil iktidarla, geçmişten daha iyi ilişkiler içinde olduğunu görmekten mutlu oluyorum. Bu ideal seviyede değil. Geçmişteki karşılıklı korkulardan ve vehimlerden sıyrılmış, halkı kucaklayan bir noktada olması lazım. TSK'yı temsil edenler sivil iktidarlardan endişe duyuyor olabilir. Bunun karşılığı olarak da sivil iktidarlar TSK'dan endişe duyuyor olabilir. Önemli olan TSK ve hükümet arasındaki karşılıklı endişeleri gidermek."