Atatürkçü Düşünce Derneği'nin (ADD) 2003'te düzenlediği "Cumhuriyete Saygı Yürüyüşü"nde, "Ordu Göreve" pankartının açılmasıyla ilgili olarak Ergenekon soruşturması kapsamında inceleme başlatıldı. İstanbul Cumhuriyet Savcısı M.Ali Pekgüzel tarafından Ankara Emniyet Müdürlüğü'ne gönderilen yazıda, 5 yıl önceki mitingle ilgili tüm belge ve kayıtların İstanbul'a gönderilmesi istendi.
Ankara Cumhuriyet Savcılığı'na bir yazı gönderen Başsavcılık, fotoğraflar, kürsü konuşmaları, atılan sloganlar ve açılan pankartlarla ilgili tüm dokümanlara ait birer kopyanın kendilerine gönderilmesini istedi.
YÖK tasarısını protesto gerekçesiyle 25 Ekim 2003'te Ankara Tandoğan Meydanı'nda gerçekleştirilen gösteri, darbe çağrısı yapıldığı için davalık olmuştu.
Ankara Üniversitesi ile Atatürkçü Düşünce Derneği'nin organize ettiği mitinge eski YÖK Başkanı Kemal Gürüz, eski Milli Eğitim Bakanı Metin Bostancıoğlu, emekli Tümgeneral Osman Özbek ve dönemin İstanbul Üniversitesi Rektörü Kemal Alemdaroğlu gibi isimler katılmıştı. Türksolu dergisi de mitingden önce 'Ordu göreve' kapağıyla çıkmış ve 'darbeden başka çare kalmadığını' ileri sürmüştü.
Yaklaşık 4,5 yıl önce Tandoğan'da düzenlenen Cumhuriyet Mitingi'nde Atatürk Gençliği imzalı 15 metrelik 'Ordu göreve' yazılı dev pankart, mitinge damgasını vurmuş ve kamuoyunda uzun süre tartışılmıştı. Tandoğan'da toplanan kortej, Anıtkabir'e doğru yürümüş ve Atatürk'ün huzuruna çıkmıştı. Meydanda Türksolu grubu üyesi olduğu öğrenilen bazı kesimler 'Ordu göreve' ve 'Ya istiklal ya ölüm-Atatürkçü Düşünce Kulüpleri Federasyonu' yazılı dövizler taşımıştı.
Grup, 'Laik bağımsız tam demokratik Türkiye, Molla Başbakan istemiyoruz, Ya istiklal ya ölüm, Üniversiteler değil, AKP yıkılacak' sloganları atarak, hükümete meydan okumuştu. YÖK Başkanı Prof. Dr. Gürüz gruba tepki göstermiş ve 'Pankartları Türk üniversiteleri katiyen tasvip etmiyor. Bu marjinal bir gruptur. Bu yürüyüşle alakaları yoktur.' açıklamasında bulunmuştu. Miting, darbe çağrısı gerekçesiyle davalık olmuş, pankartı açanlar hakkında 2'şer yıldan 5'er yıla kadar hapis cezası verilmesi talep edilmişti.
Cumhuriyet'in 80. kuruluş yıldönümünde Tandoğan'da toplanan rektörler, 'Ordu göreve' pankartlarıyla 'Ya istiklal ya ölüm' sloganları eşliğinde yürümüştü. Korteje dönemin YÖK Başkanı Kemal Gürüz ile yine dönemin İstanbul Üniversitesi Rektörü Kemal Alemdaroğlu'nun yanı sıra 72 rektör katılmıştı.
Rektörlerin cübbeleriyle boy gösterdiği mitingde açılan 'Ordu göreve' pankartları tartışmalara neden olmuştu. Pankartın önündeki isimlerden biri de dönemin İstanbul Üniversitesi Rektörü Prof. Dr. Kemal Alemdaroğlu'ydu. Ergenekon soruşturması kapsamında 21 Mart 2008'de Cumhuriyet Gazetesi İmtiyaz Sahibi İlhan Selçuk ve İşçi Partisi Genel Başkanı Doğu Perinçek ile birlikte gözaltına alınan Alemdaroğlu, yaşı ve hastalık gerekçesiyle tutuklu yargılanmak üzere serbest bırakıldı. Doğu Perinçek ise 'Ergenekon terör örgütü yöneticisi olmak' suçundan tutuklanarak cezaevine gönderildi.