Serbest bölgelerin kuruluş amaçları yeniden belirlenen tasarıya göre, serbest bölgelerin vizyonu, ''İhracata yönelik yatırım ve üretimi teşvik etmek, doğrudan yabancı yatırımları ve teknoloji girişini hızlandırmak, işletmeleri ihracata yönlendirmek ve uluslararası ticareti geliştirmek'' olacak.
Serbest bölgelerde yapılacak faaliyetler, Ekonomik İşler Yüksek Koordinasyon Kurulu yerine, Yüksek Planlama Kurulunca belirlenecek.
Üretici işletmelerin talepleri hariç olmak üzere, fiyat, kalite ve standartlarla ilgili olarak kamu kurum ve kuruluşlarına verilen yetkiler, serbest bölgelerde uygulanmayacak.
Serbest bölgelerde yapılan faaliyetleri değerlendirmek, bu bölgelerin geliştirilmesine ve sorunların çözümüne ilişkin stratejileri belirlemek ve önerilerde bulunmak üzere Serbest Bölgeler Koordinasyon Kurulu oluşturulacak.
Yerli veya yabancı gerçek veya tüzel kişiler, Devlet Planlama Teşkilatı Müsteşarlığı yerine, Dış Ticaret Müsteşarlığından ruhsat alarak bu bölgelerde faaliyette bulunabilecek.
-FAALİYET SÜRESİ 49 YILA ÇIKACAK-
Serbest bölgelerde arazi kiralayarak bina ve tesislerini inşa eden üretici kullanıcılara 30 yıl, üretim dışında faaliyet gösteren diğer kullanıcılara ise 20 yıl süreli verilen faaliyet ruhsatı süreleri 49 yıla çıkartılacak.
Serbest bölgelerde faaliyette bulunan yatırımcı kullanıcılara, Hazinenin mülkiyetinde bulunan arazi, arsa ve binalar, 49 yıla kadar kiralanabilecek veya bunlar üzerinde irtifak hakkı tesis edilebilecek.
Serbest bölgeleri yeniden tanımlayan tasarıya göre, serbest bölgeler, ''Türkiye Gümrük Bölgesinin parçaları olmakla beraber; serbest dolaşımda olmayan eşyanın herhangi bir gümrük rejimine tabi tutulmaksızın ve serbest dolaşıma sokulmaksızın, gümrük mevzuatında öngörülen haller dışında kullanılmamak ya da tüketilmemek kaydıyla konulduğu, ithalat vergileri ile ticaret politikası önlemlerinin ve kambiyo mevzuatının uygulanması bakımından Türkiye Gümrük Bölgesi dışında olduğu kabul edilen ve serbest dolaşımdaki eşyanın bir serbest bölgeye konulması nedeniyle normal olarak eşyanın ihracına bağlı olanaklardan yararlandığı yerler'' olacak.
Özellikle tersaneler gibi büyük yatırımcı üretici firmaların yer aldığı serbest bölgelerde, günlük ihtiyaçların sorunsuz karşılanabilmesi amacıyla, bedeli 500 dolara kadar olan malların ihracat işlemine tabi tutulmasında esas alınan meblağ, 5 bin dolara yükseltilecek.
Serbest bölgelerde, arazilerin ve Hazineye intikal eden binaların kiraya verilmesi, ayrıca binaların diğer kullanıcılara kullanım hakkının devredilmesine ilişkin işlemler, Devlet İhale Kanunu tabi olmayacak.
-GELİR VERGİSİ MUAFİYETİ-
Serbest bölgelerde istihdam edilen personel için 2008 yılı sonuna kadar sağlanan gelir vergisi muafiyeti, Avrupa Birliğine tam üyeliğin gerçekleştiği tarihi içeren yılın vergilendirme döneminin sonuna kadar uzatılacak.
Üretim faaliyetinde bulunan mükelleflerin, serbest bölgelerde imal ettikleri ürünlerin satışından elde ettikleri kazançlar, gelir veya kurumlar vergisinden müstesna olacak.
Bu bölgelerde üretilen ürünlerin FOB bedelinin en az yüzde 85'ini yurt dışına ihraç eden mükelleflerin istihdam ettikleri personele ödedikleri ücretler gelir vergisinden müstesna olacak. Yıllık satış tutarı, bu oranın altında kalan mükelleflerden zamanında tahsil edilmeyen vergiler cezasız olarak, gecikme zammıyla birlikte tahsil edilecek.
Kanunun yürürlüğe girdiği tarihten önce serbest bölgelerde faaliyet ruhsatı almış olan kullanıcılara kiralanan arazi, arsa ve binalardan Hazinenin mülkiyetinde bulunanların kira süresi, Dış Ticaret Müsteşarlığınca ruhsat süresine bağlı olarak 49 yıla kadar uzatılabilecek.
Serbest bölgeler, Avrupa Birliğine tam üyeliğin gerçekleştiği tarihe kadar gümrük rejimleri açısından Türkiye Gümrük Bölgesi dışında, menşe hükümlerinin uygulanması bakımından ise Türkiye Gümrük Bölgesi sayılacak.
Serbest Bölgeler Kanunu ile Gümrük Kanunu arasındaki farklı hükümlerin uygulanmasında karşılaşılan zorlukların aşılması amacıyla, Avrupa Birliğine tam üyeliğin gerçekleşeceği tarihe kadar, Gümrük Kanununun bazı maddeleri serbest bölgelerde uygulanmayacak.