Örgüt başkanı yani 1 numara dışında hiç kimse bu hücrede görevli şahısları tanımıyor. Savcılar bu ekip için, özellikle TSK içinden ve merhametsiz kişilerden kurulduğu iddiasını dile getiriyorlar. Kontrol dairesinin görevi ise temizlik...
İddia edilen Ergenekon Terör Örgütü'nün yapısı, ilk olarak ele geçirilen "Yeni Yapılanma" belgesiyle deşifre edilmişti. Planda örgütün başkanlığına bağlı komutanlıklar sıralanıyor, merkezde Ergenekon Başkanlığı'nın olduğu ünitelerin legal ve illegal görevleri detaylı şekilde anlatılıyordu.
3. İddianame'de Ergenekon'un örgütsel yapısıyla ilgili yeni bilgilere ulaşıldığı da anlaşılıyor. Örgütün Operasyon gücü içinde yer alan Kontrol Dairesi'nin görev ve çalışanları deşifre edilmiş görünüyor. Ancak yeni ulaşılan bilgiler, örgütün gizliliğe ne kadar önem verdiğini daha çok anlatıyor.
Belgeye göre, örgüt içinde "Operasyon Dairesi Komutanlığı"nın özel bir yeri var. Savcılara göre bu tam bir hücre yapılanması örneği. Ancak bu birim içinde yer alan "Kontrol Dairesi', hem faaliyet hem de konum itibariyle diğerlerinden öne çıkıyor.
Savcılar iddia edilen ETÖ'nün Kontrol Dairesinde görevli kişileri de açıklıyor. 3. İddianameye göre bunlar Yarbay Mustafa Dönmez ve Emekli Binbaşı Fikret Emek.