Trakya Üniversitesi Halkla İlişkiler ve Organizasyon Topluluğu'nun düzenlediği "Laiklik ve Demokrasi" konulu konferans için Edirne'ye gelen Ateş, basın mensuplarının sorularını cevaplandırdı. Ateş, Deniz Baykal'ın, "Sayısal çoğunluğum var, ben istediğimi yaparım, kime ne diyen bir iktidara karşı fren lazım değil mi? Anayasa Mahkemesi bu yanlışı düzeltirse bu memlekette Anayasa Mahkemesi yararlı mıdır değil midir?" sözlerini Anayasa Mahkemesi'ne partiyi kapatma konusunda yol gösterme olarak değerlendirdi. Baykal'ın sözlerini "ayıp" olarak niteleyen Ateş, "Baykal'ın tavrı tek kelime ile ayıp. Baykal'ın İzmir'de yaptığı bir konuşma var ki, utanç kaynağıdır. Anayasa Mahkemesi'ne yol gösteriyor ve bu partiyi kapatın diyor." dedi. Toktamış Ateş, onun dışında sağ ve sol partilerin yaptığı muhalefeti doğal karşıladığını, ancak mahkemeye intikal etmiş bir konu hakkında konuşmanın da doğru olmadığını vurguladı.

İktidar olan bir partinin kapatma girişimini yanlış bulduğunu kaydeden Ateş, "Yalnız bir noktanın altını çizmek isterim. Eğer ben bugün Adalet ve Kalkınma Partisi'nin gerçekten laikliğe son verip bir İslam şeriatı düzeni kurmaya çalıştığına inansam sayın başsavcının getirdiği kanıtları yeterli bulursam böyle bir hareketi doğrusu desteklerim. Böyle bir gidişat görmüyorum ve yapılanı zorlama olarak değerlendiriyorum." açıklamasında bulundu.

Avrupa Birliği (AB) Komisyonu'nun genişlemeden sorumlu Üyesi Olli Rehn'in Türkiye'de 'Aşırı laiklerle Müslüman demokratlar arasında bölünme olduğunu' şeklindeki konuşmasının sorulması üzerine Toktamış Ateş, "Böyle bir ayırım görmüyorum. Gerek Oli Rehn gerekse Lagendijk'in konuşması yoruma açık konuşmalar. Bugünkü gazetelere baktığım zaman her gazete kendi meşrebine göre olanını ön plana çıkartmış. O bakımdan bunları bağlayıcı ve kesin sonuçlar olarak görmüyorum." şeklinde yorumladı.