Savaş suçu ve insanlığa karşı suç işlemekten hakkında BM Savaş Suçları Mahkemesi'nce dava açılan Karaciç, kendi yaptığı savunmasında, "Köktendinci Boşnakların Amerika'nın desteğiyle bir İslam devleti kurmaya çalıştığını" öne sürdü. Eski Sırp lideri savunmasına, "Burada ulusumuzu ve onun kutsal ve haklı amacını savunacağım. Haklı bir davamız vardı. İyi delil ve delilimiz var" diye başladı. Sırp olmayanları ülkelerinden sürmek gibi bir niyetleri bulunmadığını belirten Karaciç, Sırpların amacının sadece hayatlarını ve mallarını korumak olduğunu belirtti. Karaciç, "Sırplar kendi topraklarını istiyorlardı ve bu suç değildir" dedi. Karaciç, "İslamcı amaçları vardı. Osmanlı İmparatorluğu zamanında olduğu gibi yüzde 100 iktidar istiyorlardı. Tüm bölgenin kaderini değiştirecek temel amaçları vardı. Amaç, Bosna-Hersek'in devamını sağlamaktı. Bu yasal yollardan yapılamazdı. İslami köktendincilik istiyorlardı ve bunu 91'den 95'e kadar arzuluyorlardı" dedi. BM Savaş Suçları Mahkemesi savcıları Karaciç'i, 92-95 Bosna savaşı sırasında Müslümanlar ve Hırvatlara etnik temizlik kampanyasının "yüksek komutanı" olmakla suçluyor.