Danıştay saldırısında gözaltına alındıktan sonra serbest bırakılan emekli Yüzbaşı Muzaffer Tekin, Ümraniye'de ele geçirilen el bombalarıyla ilgili soruşturmada tutuklandı. Operasyonunun ikinci adımında emekli Tuğgeneral Veli Küçük tutuklandı. Küçük'ün gözaltına alınmasından sonra açıklama yapan İstanbul Cumhuriyet Başsavcısı Aykut Cengiz Engin operasyonun adını "Ergenekon" olarak açıkladı.

Ergenekon Operasyonu adım adım şu şekilde gelişti:

1. Adım: 12 Haziran 2007'de bir ihbar üzerine Ümraniye'de bir gecekonduda operasyon yapıldı. 27 adet el bombası, TNT kalıpları ele geçirildi. Gecekondu sahibi ve yeğeninin ifadeleri üzerine emekli Yüzbaşı Muzaffer Tekin, emekli Astsubay Oktay Yıldırım, emekli Astsubay Mahmut Öztürk, emekli Binbaşı Fikret Emek, emekli Yüzbaşı Gazi Güder, Mehmet Demirtaş, Muzaffer Şenocak, eski polis memuru Aydın Yüksek, iş adamı Kuddusi Okkır, Bekir Öztürk, Fuat Ermiş, İsmail Yıldız,Yazar Ergün Poyraz, Asuman Özdemir, Mete Yalazangil tutuklandı.

2. Adım: 21 Ocak 2008 tarihinde gerçekleştirildi. Operasyona Ergenekon ismi verilen bu 2. dalgada JİTEM'in kurucusu emekli Tuğgeneral Veli Küçük, Danıştay saldırısından sonra gözaltına alınıp serbest bırakılan eski Yüzbaşı Zekeriya Öztürk , eski Uzman Çavuş Muhammet Yüce, Kahraman Şahin, Erol Ölmez, Erkut Ersoy, Kuvayi Milliye Derneği Başkanı Emekli Kurmay Albay Fikri Karadağ, avukat Kemal Kerinçsiz, Susurluk hükümlüsü Sami Hoştan, Kuvvacı Hüseyin Görüm, Oğuz Alpaslan Abdülkadir, Türk Ortodoks Patrikhanesi Basın sözcüsü Sevgi Erenerol ve Abdullah Arapoğlu tutuklandı.

3. Adım: 21 Şubat 2008'de akademisyenlere yapıldı. İstanbul Üniversitesi Adli Tıp uzmanı Doç. Dr. Habip Ümit Sayın, Sakarya Üniversitesi'nden Doç. Dr. Emin Gürses, Levent Kara, Ümit Oğuztan, Vatan Bölükbaşı, Balıkesir Üniversitesi emekli öğretim üyesi Orhan Tunç, kuyumcu Hayrettin Ertekin, gazeteci Vedat Yenerer, Noel Baba Derneği Başkanı Muammer Karabulut, Abdülmüttalip Tongar ve tetikçi olduğu iddia edilen Selim Akkurt tutuklandı.

4.Adım: 21 Mart 2008 tarihinde yapılan operasyonda, Cumhuriyet Gazetesi İmtiyaz Sahibi ve Başyazarı İlhan Selçuk, İşçi Partisi Genel Başkanı Doğu Perinçek, İstanbul Üniversitesi eski rektörü Kemal Alemdaroğlu ve İP Genel Başkan Yardımcısı Ferit İlsever'in de aralarında bulunduğu 12 kişi polis tarafından gözaltına alındı. Selçuk ile Alemdaroğlu yaş ve sağlık sorunları nedeniyle tutuksuz yargılanmak ve 15 günde bir karakola imza vermek şartıyla serbest bırakıldı. Bu aşamada İşçi Partisi Genel Başkanı Doğu Perinçek, Aydınlık Dergisi Yazı İşleri Müdürü Serhan Bolluk, Ulusal Kanal Genel Yayın Yönetmeni Ferit İlsever, gazeteci ve işadamı olarak bilinen Adnan Akfırat, Ulusal Kanal İzmir temsilcisi Hayati Özcan, İşçi Partisi Genel Sekreteri Nusret Senem ve Aydınlık Dergisi Ankara Temsilcisi Hikmet Çiçek tutuklandı.

5. Adım: Eski 1. Ordu komutanı emekli orgeneral Hurşit Tolon, eski Jandarma Genel Komutanı Emekli Orgeneral Şener Erurgur, Cumhuriyet gazetesi Ankara Temsilcisi Mustafa Balbay, Türcaman Gazetesi Genel Yayın Yönetmeni Ufuk Büyükçelebi ile Ankara Ticaret Odası Başkanı Sinan Aygün'ün de bulunduğu 25 kişi İstanbul ve Ankara'da gözaltına alındı.

Ergenekon soruşturması kapsamında tutuklanan 49 isim şöyle: Emekli yüzbaşı Muzaffer Tekin, emekli Astsubay Oktay Yıldırım, emekli Astsubay Mahmut Öztürk, emekli Binbaşı Fikret Emek, emekli Yüzbaşı Gazi Güder, ele geçirilen 27 el bombasının bulunduğu gecekondunun sahibi Mehmet Demirtaş, eski polis memuru Muzaffer Şenocak, eski polis memuru Aydın Yüksek, işadamı Kuddusi Okkır, Kuvva-i Milliye Derneği Genel Başkanı Bekir Öztürk, SESAR araştırma kuruluşu Başkanı İsmail Yıldız, yazar Ergün Poyraz, Asuman Özdemir, Mete Yalazangil, emekli Binbaşı Zekeriya Öztürk, Uzman Çavuş Muhammet Yüce, Kuvay-i Milliye Derneği Teşkilet Başkan Yardımcısı Kahraman Şahin, Erol Ölmez, özel büro sorumlusu Erkut Ersoy, emekli Tuğgeneral Veli Küçük, emekli Kurmay Albay Mehmet Fikri Karadağ, Büyük Hukukçular Birliği Başkanı avukat Kemal Kerinçsiz, Susurluk hükümlüsü Sami Hoştan, Kuvva-i Milliye Derneği Teşkilat Başkanı Hüseyin Görüm, Kuvva-i Milliye Derneği Yöneticisi Oğuz Alpaslan Abdülkadir, Kuvay-i Milliye 1919 Derneği Pendik Şube Başkanı Hüseyin Gazi Oğuz, Türk Ortodoks Patrikhanesi Basın Danışmanı Sevgi Erenerol, Kuvay-i Milliye Derneği üyesi Abdullah Arapoğlu, yazar Ümit Oğuztan, Türk İntikam Tugayı (TİT) üyesi olduğu öne sürülen Vatan Bölükbaşı, Doç. Dr. Ümit Sayın, Doç. Dr. Emin Gürses, Doç. Dr. Orhan Tunç, kuyumcu Hayrettin Ertekin, gazeteci Vedat Yenerer, Noel Baba Vakfı Başkanı Muammer Karabulut, Abdulmuttalip Tongar, Selim Akkurt, Doğu Perinçek, Ferit İlsever, Hayati Özcan, Adnan Akfırat, Nusret Senem, Hikmet Çiçek, Serhan Bolluk, Doğu Perinçek, Kuvvacı Rasim Görüm, Ali Kutlu, Behiç Gürcihan ve Murat Çağlar

İki tahliye: Soruşturma sürerken Fuat Ermiş ve Levent Kara tahliye edildi.

Zaman