17 Nisan 1999 seçimlerinde Fazilet Partisi’nden milletvekili seçilerek başörtüsüyle TBMM’ye giren ve dönemin Başbakanı Bülent Ecevit’in “Bu hanıma haddini bildiriniz” sözleriyle tepki gösterdiği Merve Kavakçı, eski Genelkurmay Başkanı İlker Başbuğ'a yönelik olarak "Çok yeni bir bilgi bulmuş gibi, okuduğu makaleden bilgileri aktarıyor ve Türkiye insanını aydınlattığını düşünüyordu. Bu arada; eğreti bir mütevazılık arz eden bazı kullanımları da dikkatlerden kaçmıyordu. Bilge bir adamdı ya kendileri, idarecileri siyasetçileri bizim gibi sıradan halkı aydınlatıyorlardı adeta" dedi.

Başbuğ, Habertürk'te katıldığı programda "Saldırı bireysel bir olay değil. Şunu kişisel görüş olarak söyleyim. Bir kişin kendi kendine düşünüp planlayıp icra ettiği bir olay oldğunu düşünmüyorum. Bir organize var. Birileri tarafından planlanmış bir olay olduğunu düşünüyorum" demişti.

Merve Kavakçı'nın "Şimdi ne düşüneceğiz?" başlığıyla yayımlanan (23 Aralık 2016) yazısı şöyle:

Ergenekon davasında yargılanan, hapis yatan eski Genelkurmay Başkanı geçenlerde bir kanalda arz-ı endam etmişti. Hatırlayacaksınız, FETÖ’nün kurduğu kumpas bağlamında gecenin bir vaktinde yapılan bir arazi taramasında bulunan mühimmatla ilgili basın toplantısı yapmış, bu iddiaların ne denli saçma olduğunu eline aldığı ve basına gösterdiği boru şekildeki metale işaret ederek anlatmıştı. Hapse girdiği dönemde sevenleri ve ideolojik destekçileri gözünde bir kahramana dönüşmüştü. Bunda bir kısım benzer apoletlilerin onun göstermiş olduğu duruşu sahiplenmemiş olması da rol oynadı.

 
Neyse... Aradan yıllar geçti, FETÖ’nün maskesi düştü ve malum olaylar zinciri gelişti, 15 Temmuz oldu. Ergenekon davası bitti. Bitti de Ergenekon yok muydu? Ben bal gibi de olduğu, bal gibi de darbe hazırlığı içinde olduğuna inananlardanım. Ama sanki hiç Ergenekon, Sarıkız, eldiven vesaire olmamış, olma-ya-cakmış, olması planlanmamış, adeta niyet o değilmişmiş gibi, bir başka deyişle hayal mahsulü “imişçesine” günü geçiriyoruz şimdilik. Evet bence bir önceki cümlenin en önemli kelimesi en sonuncusu.

Bugün için Ergenekon ve türevlerini rafa kaldırmış olabiliriz, ama bu böyle kalacak anlamına hiç bir şekilde gelmiyor. Gelmemeli de zaten. Gerçeklerin bir şekilde ama bir şekilde mutlaka ortaya çıkmak gibi kötü bir huyu vardır....

Şimdi bütün bu girizgâhı ve de bugün neden yapıyorum... Eski Genelkurmay Başkanının bir kanalda söylediği ve hatta söylemediği şeyler, hali tavrı, vücut dili beni bunları ve ötesini düşünmeye itti...

Sonda söyleyeceğimi şimdi söyleyeyim. Yadırgadım. Tuhafsadım. Beğenmedim. Ne bir eski siyasetçi olarak, ne de bir akademisyen olarak. Önce verdiği hardcore bilgileri üzerine bir eleştiri. Ama daha da önce eline alıp nakil yaptığı makalenin kendinde uyandırdığı heyecan.... Georgetown Üniversitesi’nden bir öğretim üyesinin makalesiydi elindeki Başbuğ’un. Ne var bunda diyenler için hiçbir şey yok tabii. Ben on sene boyunca komşu üniversite George Washington’da öğretim üyeliği yaptım Georgetown’da da çok sayıda arkadaşım var. Mesele bu değil. Mesele mevzubahis şahısın bu makaleden söz ederken öğretici Batı temsiliyetine soyunmuşçasına bir heyecan içinde, gözünde bir ışıltı bir parıltı, bir değil bir kaç defa işte bundan dolayı getirdim yanımda bu makaleyi dercesine harikalığının altını çiziyordu. Batıdan öğrenmeliydik çünkü. Bizi bizden daha iyi bildirdi çünkü batı....sanki....Göreceli bir mesele olduğu için sanki diyerek bitiriyorum bu eleştirimi, zira görünen oydu, benim baktığım yerden öyleydi. Ancak muhteva ile ilgili durum daha da açık bir eleştiriyi hak ediyor. Sayın Başbuğ, çok yeni bir bilgi bulmuş gibi, okuduğu makaleden bilgileri aktarıyor ve Türkiye insanını aydınlattığını düşünüyordu. Bu arada; eğreti bir mütevazılık arz eden bazı kullanımları da dikkatlerden kaçmıyordu. Bilge bir adamdı ya kendileri, idarecileri siyasetçileri bizim gibi sıradan halkı aydınlatıyorlardı adeta... Ama maalesef belli ki kendisinin ilk defa duyduğu ve fakat akademik cirçle’larda ön yıllardır ağızlara pelesenk edilen fikirler bizleri aydınlatmaya yetmiyordu. Şöyle diyordu mealen eski Genelkurmay Başkanı, naklettiği makaleden, fakir, sosyoekonomik standartları periferi temsil eden kesimlerden değil, aksine okumuş, bilgili, eğitimli orta ve üst sınıflardan çıkıyor teröristler. Peh Peh Peh! Ne kadar da şaşırdık (!) Mısırlı düşünür Saadiddin İbrahim’in 90’larda saydıklarını okusaydı Sayın Başbuğ, bu kadar hayrete de düşmezdi, kendini de bu duruma düşürmezdi....